El Sistema de Dirección Estratégica, se constituye en la herramienta central para la toma de decisiones institucionales, dado que éste es la base del proyecto de desarrollo estratégico institucional, y se establecen en él la misión, visión, valores, políticas, objetivos e indicadores estratégicos, los cuales en conjunto direccionan el quehacer de la Universidad en busca de su desarrollo y crecimiento continuo. Actualmente, se encuentra vigente el Sistema de Dirección Estratégica 2011-2016 , que contempla los grandes desafíos institucionales sustentados en seis estrategias.

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Este sistema, a través de su diagnóstico estratégico identifica las principales necesidades institucionales del macro y micro entorno. En este sentido, los objetivos, indicadores, políticas, mecanismos de aseguramiento de la calidad y programas estratégicos definidos para cada área estratégica, conforman los criterios primordiales que se deben considerar al momento de evaluar las diferentes alternativas de decisión ante una propuesta.

En pro de la ejecución del sistema de dirección estratégica vigente, cada Facultad y Escuela Universitaria es responsable de desarrollar de forma participativa su propio Plan de Desarrollo, articulado con las áreas estratégicas previamente mencionadas. La implementación de estos planes es llevada a cabo a través de los Planes Operativos Anuales, en los cuales cada unidad académica y no académica define las metas y actividades específicas a realizar en el corto plazo, vinculándolas a una de las seis áreas estratégicas a saber: Área de pregrado, Área de Postgrado, Área de Investigación, Área de Desarrollo Académico, Área de Vinculación con el Medio y Área de Gestión Económica y Financiera.

De esta manera, se gestiona la toma de decisiones, cuantificando, asignando y gestionando los recursos humanos, físicos, materiales y financieros para las distintas unidades académicas y administrativas de la Universidad, mediante la asignación presupuestaria resultante de la cuantificación de la gestión operacional, del plan de inversiones estratégico, del plan de mejoras institucional y de los planes de mejoras de las carreras y programas, entre otros, y se expresan en acciones operativas de las unidades académicas y administrativas.