Los principales sistemas que se utilizan como mecanismos de aseguramiento de la calidad, en el área de gestión institucional son:

- Sistema de dirección estratégica, que delinea el proyecto de desarrollo institucional, la misión, el propósito estratégico, los objetivos estratégicos, las políticas y las estrategias de desarrollo, junto a los sistemas de monitoreo del accionar institucional.

- Sistema de costeo por actividades, que analiza y diferencia los costos específicos de docencia de pregrado, postgrado, investigación y vinculación con el medio. Asimismo, se diferencian los ingresos de cada actividad y se contrastan con los costos de cada actividad y, por ende, de cada carrera, doctorado, magister, publicación, proyecto de investigación, o actividad de extensión y vinculación.

- Sistema de control estratégico y control de gestión, que contempla los indicadores del cumplimiento de la misión institucional y de los objetivos estratégicos, avanzando y profundizando en el control de objetivos y acciones funcionales.

- Sistema de gestión presupuestaria, sustentado en la definición de criterios de asignación presupuestaria y en la evaluación permanente de los ingresos y gastos del periodo operacional.

- Sistema de perfeccionamiento académico, focalizado en la formación doctoral y de magister. Recientemente se ha incorporado el dominio del idioma inglés como programa y la formación de Post Doctorado en instituciones de clase mundial.

- Sistema de labor académica, basado en el compromiso individual en docencia, investigación y vinculación con el medio de los académicos y de las facultades, escuelas universitarias e instituto. La evaluación permanente de la labor académica conduce a un mejoramiento permanente.

- Sistema de evaluación académica, basado en la medición del grado de cumplimiento del compromiso de labor académico y vinculado a remuneración por productividad en función del nivel de logro.

- Sistema de remuneraciones, diferenciado a nivel directivo, académico y funcionario. Con componentes fijos y variables basados en resultados.

- Sistema de capacitación, focalizado en la dotación de competencias, destrezas y habilidades especificas para el personal funcionario de la universidad.

- Sistema de evaluación funcionaria, que consiste en la medición del desempeño funcionario en forma permanente.

- Sistema de dotación de recursos físicos e infraestructura, basado en el cumplimiento de niveles adecuados para la realización de una labor académica y funcionaria en condiciones satisfactorias de calidad.

- Sistema de dotación de recursos materiales y de operación, centrado en los requerimientos básicos para el cumplimiento de la labor cotidiana dentro de niveles satisfactorios de calidad.

- Sistema de evaluación de calidad, focalizada en la evaluación institucional, de carreras y programas, sustentada en los procesos de autoevaluación, evaluación externa, y juicios de acreditación, como mecanismos de mejora continua.

- Sistema de dotación de capacidades de diagnóstico y autorregulación central y descentralizada, la institución cuenta con una unidad análisis y evaluación institucional que proporciona un monitoreo permanente del entorno, de los recursos y capacidades para realizar los ajustes pertinentes en un contexto de mejoramiento continuo.